Aqui na instalação do Arch Linux alguns ícones não apareciam no menu do GNOME. Principalmente os ícones do menu Preferences, Administration, Help and Support, etc. Encontrei esta solução na internet. É bem simples:
Abra o gconf-editor, clique em desktop, depois gnome, interface e marque a opção menus_have_icons (ou menus_has_icons). Pronto!
Fonte: http://my.opera.com/pROCKrammer/blog/how-to-enable-missing-menu-icons-ubuntu-9-10